Résumé:
Dans un futur proche, un nouveau phénomène se répand : Des individus sont parasités par des insectes géants, les Mushi, qui cohabitent avec eux, tout en pouvant rester invisibles. Les personnes hôtes, appelées des mushitsuki, peuvent invoquer et commander leur insecte, ce qui leur procure des pouvoirs surnaturels lorsque leur Mushi est puissant.
Les autorités dissimulent le problème aux yeux du grand public et traquent tous les nouveaux cas de mushitsuki pour les capturer et les confiner dans leurs laboratoires. Le S.E.P.B. (Special Environmental Preservation Bureau) est en charge de la chasse et emploie des mushitsuki pour en capturer d'autres. Ceux-ci s'évertuent à détruire les insectes des autres, qui sombrent alors dans un état végétatif. Un mushiktsuki dont l'insecte est tué devient une marionnette humaine, sans aucune volonté.
Face au S.E.P.B. et au destin qui leur réserve, certains mushitsuki ont formé un groupe rebelle, le Mushibane, pour aider leurs semblables à échapper aux rafles répétées, notamment les personnes dont le pouvoir vient à peine de se révéler. Une jeune fille, Rina Tachibana, est à la tête du groupe et elle a pris comme nom de résistance, Lady. Au lycée, elle joue les étudiantes modèles même si elle y organise des réunions avec les autres membres de son groupe, qui sont également des élèves.
Daisuke Kusuriya a également une double vie : Il travaille pour le compte du S.E.P.B. sous le pseudonyme de Kakkô et il est un des plus farouches adversaires du Mushibane. Daisuke vient d'intégrer la classe de Rina, à la demande de Keigo Haji, le chef du S.E.P.B. mais il ignore tout des agissements de sa camarade. En journée, Daisuke poursuit tranquillement ses études, sans porter d'attention à l'intérêt amoureux qu'il suscite chez Rina.
Un jour, le jeune homme fait la rencontre fortuite dans la rue de Shiika Anmoto, une jeune fille aussi timide que douce. A l'opposé de son caractère impitoyable quand il endosse les habits de Kakkô, Daisuke est étrangement attiré par elle et n'a qu'une envie, revoir sa nouvelle amie.
Pendant ce temps là, aussi bien le S.E.P.B que le Mushibane entame une course poursuite pour mettre la main en premier sur Snow Fly, un mushikushi très puissant mais dont l'identité est inconnue.
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